Договор с самозанятым до регистрации в приложении «Мой налог». Допустимо ли это и какие последствия?

Бытует мнение, что в таком случае, налоговые органы будут смотреть не на дату заключения или подписания акта приемки, а на дату перечисления оплаты.

Только обязательно надо указать то, что исполнитель — на НПД, можно и путем подписания дополнительного соглашения к договору с самозанятым.