Как поступить, если налоговая требует сдать уточненку по НДС с исключением счёт-фактур?

Добрый вечер! Столкнулись с ситуацией когда налоговая предлагает сдать уточненку по НДС с исключением счёт-фактур, на основании того что контрагент закрылся, не сдал отчётность и не уплатил налог. Подскажите, пожалуйста, у кого то была такая ситуация, как в данном случае лучше поступить?