До вступления в силу данного закона не было точного понимания относительно ставки НДС тогда, когда этап международной перевозки проходил по российской территории.

Еще ВАС настаивал на том, что перевозчики (экспедиторы), привлекаемые для этого этапа, применяют ставку НДС в 0% (п. 18 постановления Пленума ВАС от 30.05.2014 № 33). И финансисты настаивали на том, что эта позиция верна (письмо Минфина от 11.03.2021 № 03-07-08/17207).

И, напротив, ВС высказывался за 20% ставку, при условии, что:

перевозка проходила между двумя точками на российской карте;
перевозчик не знал, что осуществляет этап международной перевозки (определение ВС от 25.04.2018, дело № А53-30316/2016),

причем такую позицию транслировали налоговики, ссылаясь как раз на это определение (п. 7 письма ФНС от 09.07.2018 № СА-4-7/13130)

Судебная практика тоже складывалась неоднозначно. В некоторых случаях перевозчикам не удавалось отстоять нулевую ставку — чаще всего из-за отсутствия документального подтверждения (постановление АС Восточно-Сибирского округа от 07.11.2018, дело № А78-19778/2017). В других экспедиторы все-таки подтверждали свое право на 0% НДС, применив документы, подтверждающие, что стартовая точка перевозки располагалась за пределами России (решение АС Волго-Вятского округа от 13.08.2021, дело № А43-51269/2019).

Если же, напротив, перевозчик, подстраховываясь, закладывал 20% ставку в стоимость услуг, мог пострадать заказчик, лишаясь вычета. Налоговики «снимали» его, как незаконно предъявленный.

Суды, изучая документы, обращали внимание на то, знал ли перевозчик о международной направленности перемещаемых грузов (на это, например, указал ВС, определение от 25.04.2018 по делу № А53-30316/2016).

Такая ситуация неопределенности была недопустима. Поправки в НК эту неопределенность устранили.

Таким образом, с 1 июля 2024 года при перевозке товаров между двумя точками на карте России, применяется ставка 20% — даже если эта перевозка является частью международной.

НДС при транспортно-экспедиторской деятельности: какова ставка по России